【答案】
根据《中华人民共和国城乡规划法》第三十九条“规划条件未纳入国有土地使用权出让合同的，该国有土地使用权出让合同无效；对未取得建设用地规划许可证的建设单位批准用地的，由县级以上人民政府撤销有关批准文件；占用土地的，应当及时退回；给"-3 事人造成损失的，应当依法给予赔偿”的规定，该房地产开发公司占用100亩土地的行为实际上是违法占地，因此，城乡规划行政主管部门没有批准该公司的建设申请。
【解析】
本题的第一句话“某房地产开发公司与某市郊区的某乡政府签订了协议，该乡政府同意将100亩规划乡镇企业用地划给该公司使用”说明了该房地产开发公司取得了100亩集体土地的使用权，该用地的规划性质是乡镇企业用地。 
本题的第二句话“国土资源和房屋行政主管部门依据协议为该公司办理了集体土地使用权证，随后，在该公司缴纳了土地出让金后，又为该公司办理了国有土地使用权证”，说明了该公司取得了国有土地使用权证，即没有经过土地征用穆序就将集体土地转为了国有土地。需要注意的是，全国注册城市规划师执业资格考试只会涉及城市规划管理的内容，土地管理的内容不会作为考点，因此，不必浪费时间去思考核发国有土地使用权证的程序和依据是否合法。
本题的第三句“该市在调整城市总体规划时，将这100亩土地的使用性质变更为居住用地”，说明了这100亩的用地性质由乡镇企业用地转为了居住用地。
本题的第四句话“该公司向城乡规划行政主管部门申请建设住宅楼，但是，没有得到批准”，说明了城乡规划行政主管部门没有批准该房地产开发公司在这100亩商用地上建设住宅的申请。从本题的前三句话，我们了解到该公司拥有国有土地使用权证，规划用地性质为居住用地，城乡规划行政主管部门似乎应该批准该公司的申请，没有批准一定有更深层次的原因。我们知道乡镇企业用地不是城市建设用地，是为了解决当地农村集体乡镇企业发展问题而规划的农村建设用地，该用地只能够由当地农村集体及其下属乡镇企业使用，不能用于开发建设，土地所有权为集体土地。居住用地是为了解决城市发展过程中居住功能紧张问题而规划的城市建设用地，在进行建设时要经过行政划拨或征用程序将土地所有权从集体所有转为国家所有，原集体土地使用权人是被拆迁人。通过以上分析，我们就发现了问题的所在，即该房地产开发公司取得该用地的使用权有问题。根据《中华人民共和国城乡规划法》第三十九条“规划条件未纳入国有土地使用权出让合同的，该国有土地使用权出让合同无效；对未取得建设用地规划许可证的建设单位批准用地的，由县级以上人民政府撤销有关批准文件；占用土地的，应当及时退回；给当事人造成损失的，应当依法给予赔偿”的规定，该公司占用土地的行为实际上是违法占地，城乡规划行政主管部门不仅不能批准该公司的建设申请，还应对该公司的违法占地行为进行查处。
本题的第五句话“试分析，城乡规划行政主管部门没有批准的原因”，说明了本题要求回答的仅是没有批准的原因，而不要求回答如何进行处理。