【答案】
(1)受到查处的原因：属于违法建设。具体如下：
①改变用地性质必须获得城市规划行政主管部门的正式批准，口头意见不能代替正式批准。
②该工程须取得城市规划行政主管部门核发的建设工程规划许可证方可建设，建设单位的上级主管部门没有权力批准建设。
(2)根据《城乡规划法》的有关规定，城市规划行政主管部门应作如下处理：
①对违法建设依法处以罚款。
②建议对建设单位的有关责任人员由其单位或其上级主管部门给予行政处分。
③责令限期改正，经处罚后，该建设单位可到城市规划行政主管部门补办有关手续。
【解析】
本题的第一句话“某市一工厂位于市区内，因生产不景气，经总公司批准，同意改建为一座高层宾馆占地面积32000m2”，说明了建设用地位于市区，建设用地的现状使用性质为工业用地，建设项目的性质是宾馆，建设用地面积为32000m2。
本题的第二句话“总公司在批准时指出，市委、市规划行政主管部门根据规划，经研究并口头同意该厂用地使用性质可以调整”说明了变更建设用地性质仅经过口头批准，并没有获得城市规划行政主管部门的正式批准。
本题的第三句话“随后该厂便与合作方签订协议，由合作方出资，建成以后各得一半的建筑面积”，说明的是建设单位的合作方式，对答题没有实际意义。
本题的第四句话“合作双方的建设方案报经总公司批准后，即着手进行建设”说明了建设工程已经开工进行建设，即已经构成了违法建设，同时，也说明了题目的类型是违法建设行政处罚。
本题的第五句话“正当开始施工时，城市规划行政主管部门查处了该工程，责令立即停工，听候处理”说明的是城市规划行政主管部门已经发现了违法建设行为，并做出了停工的行政行为。
本题的第六句话“该工程为什么会受到城市规划行政主管部门的查处?城市规划主管部门应如何处置?”说明了本题要求回答的内容有两个，一个是要求说明城市规划行政主管部门进行查处的原因，另一个是城市规划行政主管部门处理的措施。我们在本题的审题过程中已经发现，建设工程没有经过城市规划行政主管部门的行政许可即进行建设，构成了违法建设，所以会受到城市规划行政主管部门的查处。由题意可知，变更建设用地的性质已经经总公司批准，并获得了城市规划行政主管部门的口头同意，所以该违法建设不构成严重影响城市规划，城市规划行政主管部门在进行处理时不会做出拆除处理，应进行罚款处理，并要求建设单位按照法定的程序办理建设工程的有关规划审批手续。