【答案】 
(1)该工程被责令立即停工的具体原因如下：
①擅自改变建筑工程规划许可证内容(擅自改变标准、设计图纸)。
②自行增加层数(扩大面积)。
③擅自增加卫生间，改变建筑使用性质。
④已构成违法建设。
(2)市规划行政主管部门的处理如下：
①拆除第四层墙体和增设的卫生间。
②对地下室依法罚款后补办审批手续。
③对工程主要负责人建议给予行政处分。
【解析】
依据法规，规划部门同意项目申请并核发建筑工程规划许可证后，应严格遵照审批内容进行建设，否则就构成违法。根据题目叙述，擅自变动建筑层数并改变了功能性房间的数量，那么这必然导致实际图纸和建设标准与报批版不一致，从而违背许可证内容。应指出这种建设行为其性质是违法的。
首先看整体规划结构，这个与道路及路网结构是息息相关的。主要包括道路等级设置情况(主干道、次干道、支路)，道路是否穿越用地，道路间距路网密度是否合理，道路规划是否起到了联系通达的目的等。
然后看功能布局。住宅用地、公建用地、绿地之间的位置关系是否合理，不同类型的住宅布置是否合理，公建服务半径是否较好覆盖整个用地，小区公建是否帮助形成居住区公共核心，不同公建相邻设置是否合理，公建规模是否符合标准。
然后看绿地景观。当周围有良好的景观时，用地布局应结合景观，发挥环境优势。另外就是居住区的公共绿地位置、规模。
对居住区规划来说，一般考虑四方面：道路、住宅、公建、绿地。以上分析都包括了。
相应的处理措施，分两部分，一部分是对违法建设内容，一部分是对相关负责人。对违法建设，如果能够按照许可证恢复的，则予以恢复，即拆除加建部分；已无法恢复的，处罚并补办相关手续。对负责人，根据违法轻重程度给予处分。