Ⅰ表述正确。这是协议转让的常规初始环节。初步谈判达成合作意向后，双方签署股权转让意向书，可对交易核心条款、保密义务、排他性等内容进行约定，为后续正式谈判和尽调等流程奠定基础。
Ⅱ表述正确。股权回购是协议转让的常见情形之一：股权投资基金可因被投企业未达业绩承诺等约定情形，发起股权回购；公司控股股东也可能出于巩固控制权等目的，主动发起对基金所持股权的回购，二者均具备合法发起资格。
Ⅲ表述错误。尽职调查是受让方核实标的股权价值、潜在风险的关键环节。股权转让方虽需遵守保密义务，但对于受让方合理合规的尽职调查应积极配合；若无故不予配合，会导致交易无法推进，且不符合协议转让中诚实信用的基本要求。
Ⅳ表述错误。无论是否涉及控制权变更，只要发生股权权属转移，就需向市场监督管理部门办理股权变更登记。该登记是确认股权变更效力、保障受让方合法权益的法定程序，与控制权是否变动无关。
综上，B选项正确。