B选项错误：铁路工程、房屋建筑工程、城市轨道交通工程3%；
D选项错误：安全预评价不能用安全生产费。
C选项正确：建设单位应当在合同中单独约定并于工程开工日一个月内向承包单位支付至少50%企业安全生产费用。
总包单位应当在合同中单独约定并于分包工程开工日一个月内将至少50%企业安全生产费用直接支付分包单位并监督使用，分包单位不再重复提取。工程竣工决算后结余的企业安全生产费用，应当退回建设单位。
A选项错误，E选项正确：注意A选项是项目运营后，题干的描述是新建项目。两者一个是按项目造价百分比提取安全生产费，一个是按上年度的营收逐月提取。
企业安全生产费用可由企业用于以下范围的支出：
①购置购建、更新改造、检测检验、检定校准、运行维护安全防护和紧急避险设施、设备支出[不含按照“建设项目安全设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用”（以下简称“三同时”）规定投入的安全设施、设备]；
②购置、开发、推广应用、更新升级、运行维护安全生产信息系统、软件、网络安全、技术支出；
③配备、更新、维护、保养安全防护用品和应急救援器材、设备支出；
④企业应急救援队伍建设（含建设应急救援队伍所需应急救援物资储备、人员培训等方面）、安全生产宣传教育培训、从业人员发现报告事故隐患的奖励支出）；
⑤安全生产责任保险、承运人责任险等与安全生产直接相关的法定保险支出；
⑥安全生产检查检测、评估评价（不含新建、改建、扩建项目安全评价）、评审、咨询、标准化建设、应急预案制修订、应急演练支出；
⑦与安全生产直接相关的其他支出。