1999年12月全国人民代表大会常务委员会修订通过的《中华人民共和国海洋环境保护法》对海洋生态保护作出规定：
“凡具有下列条件之一的，应当建立海洋自然保护区：
(一)典型的海洋自然地理区域、有代表性的自然生态区域，以及遭受破坏但经保护能恢复的海洋自然生态区域；
(二)海洋生物物种高度丰富的区域，或者珍稀、濒危海洋生物物种的天然集中分布区域；
(三)具有特殊保护价值的海域、海岸、岛屿、滨海湿地、入海河口和海湾等；
(四)具有重大科学文化价值的海洋自然遗迹所在区域；
(五)其他需要予以特殊保护的区域。”
另外，凡具有特殊地理条件、生态系统、生物与非生物资源及海洋开发利用特殊需要的区域。可以建立海洋特别保护区，采取有效的保护措施和科学的开发方式进行特殊管理。
该法还规定了，国务院有关部门和沿海省级人民政府应当根据保护海洋生态的需要，选划、建立海洋自然保护区。国家级海洋自然保护区的建立，须经国务院批准等事项。